區(qū)別在于報銷比例不同，報銷的條件不同：
1、城鎮(zhèn)職工醫(yī)療保險的報銷比例是80%，根據(jù)就診醫(yī)院的不同起付線也是不同的，三級甲等醫(yī)院的起付線要高一些；新農(nóng)合的報銷比例要低一些，也就是65%左右。都有用藥的限制，對于進口藥特效藥是不報銷的。
2、城鎮(zhèn)職工醫(yī)療保險有醫(yī)?？?，卡里的金額是個人賬戶的金額，可以用醫(yī)?？ㄋ⒖ㄙI藥；而新農(nóng)合沒有個人賬戶。
3、城鎮(zhèn)職工醫(yī)療保險有定點醫(yī)院，在任何一家定點醫(yī)院報銷比例都是相同的；新農(nóng)合也有定點醫(yī)院，但是在鄉(xiāng)鎮(zhèn)級別醫(yī)院的住院報銷比例最高，縣級、市級、省級醫(yī)院的報銷比例依次降低。

兩者各有利弊。醫(yī)保報銷比率大些，但繳費也多（按月繳納）。農(nóng)村合作醫(yī)療繳費少（按年繳納），報銷相對少點，主要是在城市醫(yī)院報銷比率低。越高的醫(yī)院報銷越低。主要是針對農(nóng)村戶口。在縣級以下醫(yī)療單位比較劃算 對你的補充問題進行回答。報銷比率是按繳納金額計算的。